Це можна зробити за допомогою простого SQL-запиту
DELETE t1 FROM test t1 INNER JOIN test t2 WHERE t1.id < t2.id AND t1.field1 = t2.field1 AND t1.field2 = t2.field2
Для суттєвого пришвидшення роботи знадобиться індекс з полів: